При этом на фоне так называемого ленинградского дела в 1949 году музей был закрыт на "реэкспозицию", в 1951 году его помещения были переданы военным, а к 1953 году он полностью прекратил свое существование.
В апреле 1989 года исполком Ленгорсовета принял решение о воссоздании музея обороны Ленинграда в его исторических стенах, а через несколько месяцев состоялось его торжественное открытие. Фронтовики, жители блокадного Ленинграда и их родственники, поисковые отряды и объединения передавали в музей предметы быта, униформы, оружие, награды, документы и воспоминания. Сейчас в собрании находится более 54 тыс. экспонатов.