

18 июля 1990 года было образовано Управление внешних экономических связей при Совете Министров Республики Башкортостан. Отвечая вызовам времени, возросшей необходимости в расширении международных связей и внешнеэкономических контактов региона, уже через год Управление было преобразовано в Госкомитет Республики Башкортостан по внешним экономическим связям, а еще через год − в Министерство внешних связей Республики Башкортостан.
Гарифуллин Рафиль Хакмуллович, возглавлявший Управление (1990-1991), а затем и Министерство до его преобразования в 2002 году, является отцом-основателем традиций ведения внешнеэкономической деятельности Башкортостана.
В связи с возросшей необходимостью освоения новых рынков со стороны промышленного комплекса региона и интенсификацией торговых отношений в 2002 году путем слиянии нескольких региональных ведомств было образовано Министерство промышленности, внешних связей и торговли Республики Башкортостан. Новую структуру возглавил Сигаков Николай Иванович.
Столь сложная структура просуществовала всего год, и в 2003 году распалась, образовав Министерство внешнеэкономических связей и торговли Республики Башкортостан и Министерство промышленности Республики Башкортостан. Должность Министра внешнеэкономических связей и торговли Республики Башкортостан занимает видный политический деятель региона Колбин Борис Григорьевич.
В 2009 году происходит реорганизация нескольких республиканских структур, и формируется Министерство внешнеэкономических связей, торговли и предпринимательства РБ, возглавляемое Юрием Леонидовичем Пустовгаровым.
Орган государственной власти в 2010 году вновь претерпевает метаморфозы в части функционала − формируется Министерство промышленности и внешнеэкономических связей РБ. Вновь образованная структура существует очень короткий период времени, и в том же году прекращает свое существование, а функции по осуществлению международных связей и внешнеэкономической деятельности переходят к Министерству экономического развития региона.
8 декабря 2017 года новую жизнь самостоятельному органу исполнительной власти республики дает Указ Главы № 245 о Государственном комитете Республики Башкортостан по внешнеэкономическим связям. На должность председателя назначается Руслан Загитович Мирсаяпов.
В феврале 2020 года распоряжением Правительства Российской Федерации руководивший Государственным комитетом Республики Башкортостан по внешнеэкономическим связям Руслан Мирсаяпов назначается на должность Торгового представителя России в Азербайджане, которую занимает и по сей день.
Через два месяца, в апреле 2020 года, Глава Республики Башкортостан Р.Ф. Хабиров назначает председателем Государственного комитета Республики Башкортостан по внешнеэкономическим связям Маргариту Дмитриевну Болычеву.
6 сентября 2021 года, продолжая самые лучшие начинания и добрые традиции ведения международных и внешнеэкономических связей, Государственный комитет РБ по внешнеэкономическим связям и конгрессной деятельности переименовывается в Министерство внешнеэкономических связей и конгрессной деятельности Республики Башкортостан.
В настоящее время Министерство осуществляет координацию и функциональное регулирование в области международных, внешнеэкономических и межрегиональных связей с субъектами Российской Федерации, а также координацию мер поддержки экспорта. Ведомство ведет последовательную работу по продвижению в зарубежных странах положительного имиджа Республики Башкортостан, а также сохраняет и развивает дружеские и партнерские отношения с зарубежными странами и их субъектами.