В 2012 году в связи с присоединением издательства «Гилем» Академии наук РБ организация стала именоваться Государственным автономным учреждением Республики Башкортостан «Научно-издательский комплекс «Башкирская энциклопедия». наряду с энциклопедической литературой, учреждение стало выпускать, научные и научно-популярные издания: монографии, сборники научных статей, научные журналы и книги, посвящённые видным деятелям науки, культуры и производства. Изменение статуса позволило учреждению более активно заняться приносящей доход деятельностью, выполнять не только государственные задания, но и заказы юридических и физических лиц.
Башкирские энциклопедии являются результатом коллективного труда учёных и высококвалифицированных специалистов республики. В их подготовке приняли участие более 1 тысячи человек. из их числа сформировался большой отряд учёных-энциклопедистов, постоянно принимающих участие в подготовке энциклопедических изданий в качестве авторов, консультантов и внештатных редакторов и рецензентов. Подготовка и выпуск краткой энциклопедии «Башкортостан» и многотомной «Башкирской энциклопедии» на бумажном и электронном носителях являются важнейшими достижениями научного сообщества республики. Тому подтверждение — присвоение в 1997 году большой группе наших сотрудников почётных званий и присуждение в 2015 году группе учёных Государственной премии Республики Башкортостан в области науки и техники.
Научное сообщество Башкортостана в начале 2000-х годов приступило к созданию многоуровневой системы энциклопедических изданий. Наряду с универсальными стали выходить специализированные энциклопедии, посвящённые отдельным темам: «Салават Юлаев» (2004), «Военная история башкир» (2013), «Народы Башкортостана» (2014), «Башкирский комсомол» (2016); малым территориям: районам и городам (Зилаирский, Баймакский, Хайбуллинский, Абзелиловский, Ишимбайский районы, город Сибай), коллективам: «ГазпромнефтехимСалават» (2013), «Башкирская республиканская гимназия-интернат №1 имени Рами Гарипова» (2014). В планах энциклопедистов республики намечен выпуск аналогичных изданий о г.Салават, с.Темясово, Уфимском государственном нефтяном техническом университете, ведутся работы по подготовке энциклопедии «Мустай Карим», детской энциклопедии «Мой Башкортостан», иллюстрированной энциклопедии «Республика Башкортостан» на русском и английском языках. принимаются меры по увеличению выпуска энциклопедий по заказам министерств, ведомств, администраций районов и городов, подготовки отраслевых энциклопедий совместно с научными учреждениями и т.д.
Энциклопедистика формируется как самостоятельная отрасль на стыке науки и издательской деятельности. её основу составляют различные источники познания: наука и техника, литература и искусство, а также навыки, умения и мастерство, накопленные в сфере книгоиздания. Но, несмотря на то, что она фактически существует, ещё официально не признана соответствующими органами республиканской власти.
Башкирские энциклопедии, как и любые другие, являются показателем уровня развития науки, издательского мастерства и цивилизованности общества, одним из атрибутов государственности Республики Башкортостан, наряду с гербом, флагом и гимном — одним из её символов.
Подготовка энциклопедических изданий является сложным и трудоёмким занятием, требующим много времени, больших интеллектуальных и финансовых затрат. на подготовку и выпуск всего издания «Башкирской энциклопедии», состоящего из 7 томов, ушло более 10 лет.
Энциклопедические издания Башкортостана играют большую роль в жизни региона. Они распространяют в мировом информационном пространстве всесторонние знания о прошлом и настоящем Башкортостана и башкирского народа. В них содержится достоверная, многократно проверенная информация, подготовленная учёными и специалистами на основе последних достижений науки и практики. Они удобны для пользования, через них за небольшой промежуток времени можно получить систематизированную краткую информацию, изложенную доступным языком, понятным для любого читателя.