Правительство автономного Башкортостана было образовано в декабре 1917 года на III Всебашкирском учредительном съезде, проходившем в г.Оренбурге. В 1917—1918 гг. Караван-сарай являлся резиденцией Башкирского правительства, здесь же располагался штаб башкирских войск.
Осенью 1918 г. после прихода к власти адмирала Колчака сторонники Учредительного собрания, в том числе Башкирское правительство, отказались признать его власть, так как демократическое крыло антибольшевистского движения считало Колчака узурпатором. На этой почве у Башкирского правительства обострились отношения с атаманом Дутовым, который встал на сторону Колчака. В связи со сложной обстановкой Башкирское правительство решило обосноваться в центре автономии (Малой Башкирии), новой резиденцией было выбрано село Таналыково-Баймак Бурзян-Тангауровского кантона (ныне — г.Баймак Баймакского района РБ). Подготовку к переезду отделы Башкирского правительства начали еще в октябре 1918 г. Для организации переезда был назначен заведующий эвакуацией, который 18 октября 1918 г. запрашивал у руководителей отделов правительства следующую информацию: «1. Список служащих, коих Вы предполагаете эвакуировать. 2. Сколько человек из семьи предполагает взять с собой эвакуируемый. 3. Количество багажа в пудах, которое думает взять с собой эвакуируемый. 4. Список и вес инвентаря в пудах Вашего отдела, которое предполагаете эвакуировать».
Судя по документам, переезд Башкирского правительства в с.Таналыково-Баймак завершился в ноябре 1918 г. Скорее всего, в Баймаке правительство заняло здание, где ранее располагалась кантональная управа Бурзян-Тангауровского кантона. На эту мысль наводит один документ. 7 ноября 1918 г. Бурзян-Тангауровская управа сообщала в Оренбург о том, что: «с 7 ноября квартира Кантональной Управы переводится из деревни Таналыково-Баймак в деревню Темясово». В том же письме указывается, что основанием для переезда в Темясово является «предложение Правительства от 6 сего ноября за №313».
Итак, из данного архивного документа видно, что в ноябре 1918 г. администрация Бурзян-Тангауровского кантона располагалась в с.Таналыково-Баймак, 7 ноября того же года по предписанию Башкирского правительства переехала в с.Темясово. Очевидно, здание, которое ранее занимала кантональная управа в Баймаке, в ноябре перешло в распоряжение Башкирского правительства. Какое здание занимало Бурзян-Тангауровская управа, затем Башкирское правительство — об этом в архивных документах пока данных не обнаружено. Но можно предположить, что, вероятнее всего, они располагались в здании волостного правления.
О деятельности Башкирского правительства в ноябре-декабре 1918 г. в Баймаке можно судить лишь по отрывочным документам, так как о начале работы правительства в Баймаке документы не сохранились. 19 ноября 1918 г. правительство разослало предписание всем кантональным управам из Таналыково-Баймака. По документу видно, что на 19 ноября глава правительства Ю.Бикбов и основной отдел правительства — отдел внутренних дел уже работали в Баймаке.
В архиве сохранился лишь один приказ Башкирского правительства от 2 декабря, судя по нему можно сделать вывод, что правительство к началу декабря 1918 г. завершило работу по размещению отделов и начало полноценно функционировать. По данному приказу с 1 декабря устанавливались дежурства по Правительству с 14.00 до 21.00 часов. Всем служащим «в целях правильной выдачи суточных денег и учета личного состава предписывается при убытии в отпуск или командировку, а также при возвращении немедленно сообщить в отдел общих дел».
После прихода Колчака и усиления давления Башкирское правительство начало искать пути сближения с советской властью. 21 ноября 1918 г. в Баймаке состоялось заседание, где было решено, что Башкирская автономия должна прекратить борьбу с большевиками и повернуть оружие против контрреволюции при условии признания правительством РСФСР башкирской автономии. Однако председатель правительства Ю.Бикбов и некоторые члены (И.Мутин и др.) выступили против союза с большевиками. Вот что пишет об этом историк М.Кульшарипов: «Дело дошло до открытого конфликта. Ю.Бикбов и другие противники контакта с органами советской власти в Баймаке были арестованы О.Куватовым, Т.Имаковым, Я.Салиховым, Г.Хасановым. Лишь после вмешательства А.-З.Валиди Ю.Бикбов и его единомышленники были освобождены из-под ареста».
12 января 1919 г. Ю.Бикбов ушел в отпуск, возложив обязанности председателя правительства М.Кулаеву. Новый глава Башкирского правительства начал предпринимать энергичные меры по оптимизации деятельности правительства, учитывая сложные условия времени. 17 января состоялось заседание, где было решено перевести правительство в с.Темясово. Принимая во внимание сложную военно-политическую обстановку, необходимо было находиться ближе к своим войсковым частям. Заведующим эвакуацией был назначен зав. хозяйственным отделом Х.Каримов. Ему дали двух помощников — Халима Амирова и Мухаметдина Адигамова, и было приказано «коих одного немедленно отправить в Темясово для отвода помещений». Эвакуацию решили начать с 20 января. «В виду неопределенности положения фронта и неисключения возможности внезапной эвакуации» всем служащим правительства, войскового управления, милиции выдали жалование за текущий месяц, кроме того, служащим правительства выдали «пособие 2-х месячного содержания», а войсковому управлению — «2-х месячный оклад основного жалования из средств Правительства».
Приказом правительства №81 от 17 января 1919 г. «в виду эвакуации» 12 его отделов подлежали расформированию: отдел внутренних дел, статистический, продовольственный, врачебно-санитарный, дорожно-строительный, агрономический, земледелия и имуществ, духовное управление, лесной, информационный, землеустроительный и народного образования.
В составе правительства должны были остаться следующие структуры: отдел общих дел (административно-распорядительный), финансовый, хозяйственный, юридический, военной милиции со всеми учреждениями. Башкирское войсковое управление переименовывалось в военный отдел правительства. На следующий день правительство отменило решение о переименовании Башкирского войскового управления в отдел. Очевидно, данный шаг не был согласован с начальником управления
А.-З.Валидовым и правительству пришлось отказаться от этой идеи. Бывший заведующий внутренним отделом А.Ягафаров был назначен на должность административно-распорядительного отдела правительства.
24 января 1919 г. Башкирское правительство завершило эвакуацию из Таналыково-Баймака в Темясово. В этот же день приказом №86 отделы и учреждения должны были разместиться в следующих зданиях села: правительство с административно-распорядительным и финансовым отделами — в доме Разсохина, Войсковое управление — в доме общества потребления (три комнаты), хозяйственный отдел занимал там же одну комнату, для военно-следственной комиссии и юридического отдела в том же здании было выделено две комнаты. Военная милиция должна была располагаться в доме Каюма Габдрахманова, кантонная милиция — в здании почты, комендантская рота — в доме Хакимзяна Мустафина, караульное помещение — в доме Хусаина Абубакирова, видного деятеля, казыя (судьи) Бурзян-Тангауровского кантона. Тюрьму определили в дер.Абдулмукминово.
Тем временем власть в Башкирском правительстве полностью перешла в руки сторонников союза с большевиками. 26 января 1919 г. временно исполняющий обязанности председателя М.Кулаев был избран новым председателем. Противники сближения с советами, члены правительства И.Мутин, И.Султанов и другие были выведены из его состава. В тот же день М.Кулаев предписал временно исполняющему обязанности начальника Башкирского войскового управления генералу Ишбулатову «сделать распоряжение командиру комендантской роты выстроить роту перед зданием Правительства, завтра 27-го января к 11-ти часам утра, для представления мне и членам правительства». Так же приказал «немедленно подыскать помещение для всех отделов и вспомогательных учреждений».
Постепенно налаживалась работа отделов Башкирского правительства. 29 января приказом №2 М.Кулаев распорядился начать занятия в отделах правительства и милиции. Занятия должны были проводиться в рабочие дни (кроме пятницы) с 10 до 14 часов. В часы занятий всем служащим предписывалось быть «при исполнении своих обязанностей». Во все отделы правительства, как посторонним, так и служащим, запрещалось входить «без доклада». 2 февраля в Таналыково-Баймаке был назначен уполномоченный по делам Башкирского правительства.
7 февраля в селе распространились слухи о занятии красными Кананикольского завода (ныне с.Кананикольское Зилаирского района РБ) и об угрозе Темясово. Необходимо было успокоить население, опровергнуть ложные слухи. 9 февраля срочно издали газету «Известия Правительства Башкирии». Разместили извещение председателя правительства о том, что «7 февраля распространился ни на чем необоснованный слух о взятии большевиками Завода Кананикольска и грозящей опасности с.Темясову. Правительство Башкирии извещает, что Зав. Кананикольск большевиками не занят и опасности для с.Темясово нет, а посему населению предлагается сохранять спокойствие. О всякой опасности будет извещено. Лица, сеющие панику, будут привлекаться к ответственности по всем строгостям законов военного времени».
7 февраля 1919 г. стал самым сложным днем для самого Башкирского правительства. Не было сообщений и от М.Халикова, которого направили в Уфу для установления контакта с большевиками. В этот день под впечатлениями о слухах о взятии красными Кананикольского завода правительство приняло постановление эвакуироваться из Темясово. В нем говорилось: «Немедленно принять меры к эвакуации семейств служащих, желающих выехать по направлению к Сыртинскому острогу». Больных и раненых планировали эвакуировать в г.Верхнеуральск.
Напряженная обстановка разрядилась сообщением из штаба Башкирских войск (в Кананикольском заводе) о возвращении М.Халикова из Уфы.
8 февраля 1919 г. М.Кулаев выехал в Кананикольск, где состоялось заседание Башкирского правительства и войск по вопросу взаимоотношений с советской властью. Выслушав доклад М.Халикова о первых переговорах с советской властью, правительство решило «для окончательных переговоров с местными руководящими и центральными органами советской власти» направить в Уфу делегацию в составе М.Кулаева, М.Халикова, А.Бикбакова, Х.Сагитова и Г.Караганчева.
16 февраля 1919 г. в Темясово состоялось заседание Башкирского правительства с участием командующего Башкирскими войсками А.-З.Валидова. Правительство заседало с 10 часов утра до 23 часов 15 минут. Обсуждался судьбоносный для автономного Башкортостана вопрос о переходе на сторону советской власти. Прошла неделя со времени отъезда башкирской делегации в Уфу для переговоров. Уже нельзя было затягивать с вопросом перехода на сторону советов. Поэтому правительство вынесло единогласное решение: «Не дожидаясь окончания переговоров с местными руководителями и центральными органами власти, согласно постановления правительства Башкирии от 8 февраля с.г., правительство Башкирии с 10 часов 18 февраля считает себя окончательно перешедшим на сторону советской власти, являющейся в настоящей исторический момент единственной революционной властью трудового народа». Тем же вечером Валидов издал секретный приказ №70, где объявил «всему башкирскому войску и башкирскому народу, что башкирское войско с 10 часов 18 февраля 1919 г. переходит на сторону советской власти и начинает совместно с советской Красной Армией беспощадную войну с врагами революции…» Приказом №71 того же дня было объявлено о созыве I Всебашкирского военного съезда 20 февраля в с.Темясово. «На съезд из каждой роты, эскадрона, каждого полка должны прибыть по одному представителю, избранному общим собранием роты и эскадрона. На съезде примут участие командиры полков и начальники дивизий», — говорилось в приказе. На военном съезде приняло участие 92 делегата. А.-З.Валидова и М.Кулаева там не было. Первый в это время находился в Оренбурге и вел переговоры с командованием 1-й армии РККА, второй во главе башкирской делегации выехал из Уфы в Симбирск для дальнейших переговоров.
Военный съезд состоялся 21 февраля. Делегаты единогласно утвердили постановление Башкирского правительства о заключении соглашения с советской властью и избрали новое революционное правительство — Временный революционный комитет Башкирской Советской Республики (Башревком). Членами Башревкома были избраны А.-З.Валидов, И.Алкин, Г.Карамышев, Т.Имаков, М.Кулаев, Ю.Бикбов, А.Адигамов, У.Куватов, А.Ягафаров, Ф.Тухватуллин, А.Ишмурзин, С.Магазов.
22 февраля 1919 г. Башкирское правительство приказом №24 «всю полноту власти на территории Башкирской социалистической советской республики» передало Башкирскому военно-революционному комитету. Так завершилась деятельность первого правительства Башкирской автономии, избранного в декабре 1917 г. на Всебашкирском учредительном курултае (съезде) в Оренбурге.
Деятельность Башкирского правительства в Таналыково-Баймаке и Темясово была сопряжена со сложностью военно-политической обстановки, сложившейся к концу 1918 г. В связи с постоянными переездами (сначала из Оренбурга — в Баймак, затем — в Темясово), оно не имело возможности наладить полноценное функционирование своих структурных подразделений. В итоге в январе 1919 г. большинство отделов были упразднены, действовали лишь ключевые структуры (административно-распорядительный, финансовый, хозяйственный отделы, милиция, войсковое управление).
Несмотря на все трудности, Башкирское правительство сохранило свою работоспособность, внутренний порядок, управление территориями автономии. В итоге добилось подписания соглашения с советской властью о признании автономии Башкортостана.